In LEGO DC Super-Villains la Justice League è sparita, lasciando il compito di proteggere la Terra a un nuovo gruppo di eroi che proviene da un universo parallelo e si fa chiamare "Justice Syndicate". I famosi supercriminali DC della Legion of Doom scopriranno che i nuovi salvatori della Terra potrebbero non essere tanto eroici quanto sembra. Capitanati dal personaggio comandato dall’utente, completamente personalizzabile, questo gruppo di folli criminali dovrà unire le forze per scoprire e mandare a monte i piani malvagi che i misteriosi sconosciuti hanno in serbo.